本校創立於民國52年5月，原身為高雄縣立旗山中學甲仙分部，由當時旗中林福星校長籌備，王坤源先生任分部主任。

      民國57年1月6日分部獨立設校，本校改名為高雄縣立甲仙初級中學，王主任旋升任校長。王校長任內篳路藍縷，經地方熱心教育人士鼎力協助下，方得以在駁坎位差極陡的一片谷地中奠定今日學校規模之基石。

      民國57年8月實施九年國民義務國教，本校再改制為高雄縣立甲仙國民中學。其後歷任校長胡敏基先生、陳清安先生、鄭阿雄先生、林錦德先生、何宋錦先生、曲言文先生、柯成宗先生、林嘉星先生、林細貞女士、黃瑞光先生潘麗玉女士、陳碧媛女士、麥賢章先生、鍾文杰先生等人相繼接掌本校，於民國99年12月25日因高雄縣市合併，本校改制為高雄市立甲仙國民中學。

      在宏揚校譽、促進和諧、美化環境、發展體育、美術及加強學生生活教育的過程中，其績效卓著。此外，利用社會資源完成中正園、宮殿式的步階校門、新穎的專科教室，與甲仙公園互映成美，全校在漫長的教育成長中，人文與設備均獲實質的改善。

      本校自創校迄今，已歷50餘年，在歷任校長暨所有在此服務過或現職中的教職員工努力下，大家親愛精誠，圓融和諧，誠為「甲等仙境」學校。

      現校地鱗次櫛比，計3.0532公頃，回顧原為一片山坡谷地，在師生胼手胝足的經營下，整淤沼為美地；墾蕪地為花園；投資源充設備；立典範樹良風，其一花一石，一室一壁，皆乃萬滴血汗所換取而來。至於教育後學，使才德兼備；創造學校特色，使之人所愛慕，當為吾輩努力之願景。

      民國109年8月楊桂林先生接任第17任校長，深信以其豐富完整的資歷，定能持續帶領本校創新發展，提昇學生各項學力，迎接資訊化、國際化、本土化的精緻教育，並與所有同仁穩健踏實精進，呈現豐碩教育成果，為甲仙區培育更多優秀人才，齊為造福桑梓而努力。